Это нормально, так как обычно несколько клонов находятся в разных местах, например на разных компьютерах. Единственная проблема заключается в том, что если вы разрабатываете в двух местах одновременно, вы не потеряете себя в слияниии перебазирование.
Однако лучшим подходом было бы запустить ваши юнит-тесты против определенного коммита.Таким образом, ваш рабочий процесс состоит в том, чтобы перейти к ветви «тестирования», когда вы хотите провести тестирование, и заставить систему модульного тестирования клонировать / извлечь эту ветку во временную папку и протестировать этот код.
Это имеет парупреимуществ - это позволяет вам продолжать работать во время выполнения тестов, но это также означает, что тесты могут быть связаны с определенным коммитом, то есть вы не случайно запускаете тесты для своего локального репо, только чтобы затем изменить его, нополагайте, что код успешно протестирован.
Если вы масштабируете вещи, вы даже можете иметь систему непрерывной интеграции, отслеживающую ветку (ии) тестирования и запускающую тестовый прогон при каждой фиксации в этой ветке.