Создать новый объект из собственных данных, используя MendelianRandomization - PullRequest
Новая
       13

Создать новый объект из собственных данных, используя MendelianRandomization

2 голосов
/ 26 апреля 2019

Мне нужно создать объект, используя мои собственные данные, в пакете Mendelian Randomization в R. Он дает указание создать слот объекта класса «MRInput» за слотом, используя функцию «mr_input», а затем приведенный ниже пример. 

    MRInputObject <- mr_input(bx = ldlc, 
                      bxse = ldlcse, 
                      by = chdlodds, 
                      byse = chdloddsse)

Может ли кто-нибудь помочь мне, как создать объект из моих собственных данных с помощью функции mr_input? Вот ссылка на описание пакета: https://cran.r -project.org / веб / пакеты / MendelianRandomization / виньетки / Vignette_MR.pdf

Мои данные в формате .txt и выглядят так: 

    > dput(head(Sample_MR_data,10))

    structure(list(SNP = c("SNP_1", "SNP_2", "SNP_3", "SNP_4", "SNP_5", "SNP_6", "SNP_7", "SNP_8", "SNP_9", "SNP_10"), exposure.beta = c(-0.0062, -0.034, -0.0052, -0.028, 0.0076, 0.013, -0.0094, 0.0011, -0.024, -0.023), exposure.se = c(0.017, 0.016, 0.016, 0.016, 0.024, 0.02, 0.024, 0.02, 0.028, 0.018), outcome.beta = c(0.0026, 0.026, -0.023, -0.017, 0.012, 0.03, -0.0048, 0.026, -0.033,-0.0046),outcome.se = c(0.017, 0.03, 0.018, 0.037, 0.034, 0.02, 0.022, 0.034, 0.033, 0.017)),row.names = c(NA, 10L), class = "data.frame")

1 Ответ

1 голос
/ 26 апреля 2019

Ключ должен иметь ваши данные с такими же slots, как те, которые определены mr_input. Использование coursedata. Вы можете найти доступные слоты, используя getSlots("MRInput"). 

mr_input(bx=coursedata$bx,bxse=coursedata$bxse,by=coursedata$by,
         byse=coursedata$byse)


 SNP exposure.beta exposure.se outcome.beta outcome.se
1 snp_1        0.1357      0.0676     -0.00855     0.0875
2 snp_2        0.4938      0.1015      0.25656     0.1325
3 snp_3        0.3476      0.1015      0.27784     0.1316
4 snp_4        0.0679      0.0980      0.17189     0.1265

Каноническим способом: 

new("MRInput",betaX=1,betaY=2,snps="snp_10")

Результат: предупреждение, потому что я не использовал все слоты: 

Vectors do not all have the same length.      SNP LDL-c.beta LDL-c.se CHD.beta CHD.se
1  snp_10          1    0.004        2 0.0286
2  snp_10          1    0.004        2 0.0300
3  snp_10          1    0.004        2 0.0310
4  snp_10          1    0.003        2 0.0243
5  snp_10          1    0.003        2 0.0222
6  snp_10          1    0.006        2 0.0667
...