Мой график последовательности TraMineR превышает установленный диапазон данных.Почему это так и как я могу это исправить? - PullRequest
Новая
       41

Мой график последовательности TraMineR превышает установленный диапазон данных.Почему это так и как я могу это исправить?

1 голос
/ 19 июня 2019

Мои проблемы можно легко описать на этих двух рисунках:

Последовательность участков: enter image description here

Частота последовательности:

enter image description here

Превышена ось х, хотя набор данных заканчивается в 2018. Я действительно надеюсь выяснить, почему это так.

Я пытался ограничить период времени годом до конца 2017 года. Без изменений. Я немного новичок, хотя мои идеи были ограничены. Я могу предположить, что это путается с категорией «NA». Но общий сюжет выглядит нормально. Это только участки кластера и график частоты последовательности, который выходит за пределы оси x. 

MyData <- read.csv2(file="e:/Dokumente (-videoedluxe)/IBP dokumente/Msc/seq/mappe1.csv", sep=";", skipNul=TRUE, stringsAsFactors=FALSE, na = "empty")

str(MyData, sep=",")

install.packages("TraMineR")
Yes
library("TraMineR")

table(data$x1989)

data.seq <-seqdef(MyData, var = 2:31, ext = TRUE, gaps="NA"
                  alphabet=c("GOVspec","GOVinv","GOVno","IOspec","IOinv","IOno","ICspec","ICinv","ICno","MNCspec","MNCinv","MNCno","NGOspec","NGOspec","NGOinv","NGOno","NPOspec","NPOinv","NPOno","UNIspec","UNIinv","UNIno","EDUspec","EDUinv","EDUno", NA),
                  states = c("GOVspec","GOVinv","GOVno","IOspec","IOinv","IOno","ICspec","ICinv","ICno","MNCspec","MNCinv","MNCno","NGOspec","NGOspec","NGOinv","NGOno","NPOspec","NPOinv","NPOno","UNIspec","UNIinv","UNIno","EDUspec","EDUinv","EDUno", NA)
cpal(data.seq) <-c("aquamarine2","aquamarine3","aquamarine4","chocolate2","chocolate3","chocolate4","cadetblue2","cadetblue3","cadetblue4","gold1","gold3","gold4","green2","green3","green4","hotpink2","hotpink3","hotpink4","orange2","orange3","orange4","purple2","purple4","rosybrown","orchid2", "white")
seqstatl(MyData)
summary(data.seq)

years = c(1989:2018)

par(mfrow = c(1, 2))
seqdplot(data.seq, with.legend = FALSE, border = NA, x = years)
seqlegend(data.seq)

cost.constant <- seqsubm(data.seq, method="CONSTANT", time.varying= T, with.miss = FALSE)
cost.trate <- seqsubm(data.seq, method="TRATE", time.varying= T, with.miss = FALSE)

seqfplot(data.seq, withlegend="FALSE")
seqmtplot(data.seq, withlegend="RIGHT", title="Mean Time", 

analysis.manual <- seqdist(data.seq, method="OM", sm="TRATE", indel=1.5)
library(cluster)
analysis.manual = agnes(analysis.manual)
clusterward <- agnes(data.seq, method="ward")
plot(clusterward, which.plots = 2)

plot(analysis.trate, which.plots = 8)

## CLUSTER ANALYSIS

cluster1 = cutree(analysis.trate, 1)
cluster2 = cutree(analysis.trate, 2)
cluster3 = cutree(analysis.trate, 3)
cluster3 = cutree(analysis.trate, 4)

# Distribution plot
seqdplot(data.seq, group= cluster1, withlegend = F, border = NA, x = years)

# Index plots
seqIplot(data.seq, group= cluster1, withlegend = F, border = NA, x = years)
seqIplot(data.seq, group= cluster2, withlegend = F, border = NA, x = years)
seqIplot(data.seq, group= cluster3, withlegend = F, border = NA, x = years)
seqIplot(data.seq, group= cluster4, withlegend = F, border = NA, x = years)

Я ожидаю, что сюжеты закончатся, когда они должны.

1 Ответ

0 голосов
/ 20 июня 2019

Мы не можем воспроизвести проблему, потому что у нас нет данных.Однако я замечаю, что ваш алфавит содержит в два раза больше состояния NGOspec.Удаление одного из них и соответствующая адаптация аргумента states и cpal должны решить проблему.

...