Для чего нужен make-файл, файл .pro?
Makefiles упрощают выполнение необходимых команд для сборки программы, я укажу вам http://en.wikipedia.org/wiki/Makefile для получения подробной информации о make-файлах (то, что вы можете легко найти самостоятельно).
Файл *.pro - это специфичный для Qt артефакт для проектов qmake, который вы также можете легко найти в Google: http://doc.trolltech.com/4.1/qmake-project-files.html
*.pro
Это независимый от платформы файл, используемый для создания специфичных для платформы make-файлов при фактической компиляции проекта.
Возможно, вы захотите прочитать это: Руководство по Qmake - 4.5