Ваша функция пытается переименовать уровни факторов в столбце ORG_LOTACAO, которого нет в вашем фрейме данных.Полученная ошибка присваивается вашему столбцу LOTACAO, что приводит к его исчезновению.
Попробуйте запустить только код, встроенный в функцию, чтобы увидеть генерируемую ошибку.