Очевидно, МСМ сами не имеют версии, хотя компоненты, содержащиеся в них, имеют.
Следствием этого является то, что для MSI, упакованного как незначительное обновление, установщик Windows будет только проверять, установлено ли предварительное условие. Он не будет обновлять его.
Если, однако, MSI упакован как крупное обновление, установщик Windows деинсталлирует содержимое MSI (уменьшая refCount компонентов MSM и удаляет их при необходимости), и при установке он пытается установить MSM, тем самым установка компонентов MSM или увеличение их refCount.
В результате старые версии компонентов MSM могут все еще присутствовать (если они также используются другими приложениями), и новые версии также будут там.