Кажется, что другая причина в том, что мы запускаем makemigrations на сервере вместо загрузки копии файлов миграции с компьютера разработчика на сервер.
Кажется, что в этом случае makemigrations можетсделать таблицу django_migrations непоследовательной (на сервере).
Чтобы избежать этого, убедитесь, что вы не удаляете файлы миграции (если это абсолютно необходимо) и не включаете их в свой дистрибутив и / или (Git) репозиторий.
Вышесказанное особенно важно для производственных серверов.