Что я имею в виду в своих комментариях, так это то, что я предполагаю, что у вас есть набор данных образцов (строк) и характеристик (столбцов).
Если, например, вы выполняете кластеризацию по K-среднему значению для всего набора данных и получаете результаты, о которых вы говорите, я бы создал новый набор данных, в который вы будете брать только те образцы, которые принадлежат большому кластеру. Таким образом, вы можете применить любой новый метод кластеризации к этому новому набору данных, и он должен разделиться больше.
Это потому, что в вашем исходном наборе данных, поскольку существуют большие относительные различия, различия внутри этого большого кластера не считаются важными (они намного меньше). Когда вы устраняете большие различия, можно найти и мелкие.