R сетку libstdc ++, поэтому GLIBCXX_3.4.21 не найдена проблема - PullRequest
Новая
       35

R сетку libstdc ++, поэтому GLIBCXX_3.4.21 не найдена проблема

0 голосов
/ 21 марта 2019

Я пытался использовать панд из R. Я использовал сетевую библиотеку для того же. Пример кода, который я использовал, приведен ниже

library(reticulate) use_condaenv("my_env_37",required=T) py_discover_config() py_run_string("import pandas as pd")

Ошибка 

> py_run_string("import pandas as pd")
Error in py_run_string_impl(code, local, convert) :
  ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by /opt/anaconda/envs/my_env_37/lib/python3.6/site-packages/pandas/_libs/window.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so)

Detailed traceback:
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/opt/anaconda/envs/my_env_37/lib/python3.6/site-packages/pandas/__init__.py", line 42, in <module>
    from pandas.core.api import *
  File "/opt/anaconda/envs/my_env_37/lib/python3.6/site-packages/pandas/core/api.py", line 26, in <module>
    from pandas.core.groupby import Grouper
  File "/opt/anaconda/envs/my_env_37/lib/python3.6/site-packages/pandas/core/groupby/__init__.py", line 1, in <module>
    from pandas.core.groupby.groupby import GroupBy  # noqa: F401
  File "/opt/anaconda/envs/my_env_37/lib/python3.6/site-packages/pandas/core/groupby/groupby.py", line 37, in <module>
    from pandas.core.frame import DataFrame
  File "/opt/anaconda/envs/my_env_37/lib/python3.6/si
Calls: py_run_string -> py_run_string_impl
Execution halted

Вывод из py_discover_config()


> py_discover_config()
python:         /opt/anaconda/envs/my_env_37/bin/python
libpython:      /opt/anaconda/envs/my_env_37/lib/libpython3.6m.so
pythonhome:     /opt/anaconda/envs/my_env_37:/opt/anaconda/envs/my_env_37
version:        3.6.8 |Anaconda custom (64-bit)| (default, Dec 30 2018, 01:22:34)  [GCC 7.3.0]
numpy:          /opt/anaconda/envs/my_env_37/lib/python3.6/site-packages/numpy
numpy_version:  1.16.2

NOTE: Python version was forced by use_python function

Конда версия: 4.6.8 Версия Python: 3.6.8 Версия для панд: 0.24.2 ОС: RHEL 7.4 Версия R: 3.5.1 сетчатая версия: 1.9

Есть ли какая-либо другая конфигурация, которую мы должны использовать, чтобы заставить это работать. Когда я запускаю тот же импорт панд только из Python, он работает как положено.

1 Ответ

1 голос
/ 21 марта 2019

Кажется, что ваш GCC слишком стар, чтобы использоваться с вашим модулем R. Эта проблема не связана с R, но сообщение об ошибке такое же.

У вас есть несколько установок GCC (в частности, в / usr / local)?Если это так, вы можете попробовать что-то вроде export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:/usr/lib:/usr/local/lib64:/usr/lib64, как предложено в предыдущей ссылке, которую я дал.

В противном случае вам следует установить более новую версию GCC (в модульной среде, если вам все еще нужна текущая версия GCCсм. здесь для подробностей, объяснения очень понятны ИМХО).Затем вам нужно будет запустить R с вашей новой средой.

...