Вы можете использовать Axes.set_aspect , чтобы сделать это, если вы установите соотношение сторон к пределу отношения осей. Вот пример:
from matplotlib.pyplot import figure, show
fig = figure()
ax0 = fig.add_subplot(1,2,1)
ax0.set_xlim(10., 10.5)
ax0.set_ylim(0, 100.)
ax0.set_aspect(.5/100)
ax1 = fig.add_subplot(1,2,2)
ax1.set_xlim(0., 1007)
ax1.set_ylim(0, 12.)
x0, x1 = ax1.get_xlim()
y0, y1 = ax1.get_ylim()
ax1.set_aspect((x1-x0)/(y1-y0))
show()
Может быть, есть более простой способ, но я этого не знаю.