Да, это возможно. Вы должны создать то, что называется тонким клиентом. Он имеет ограничения на поиск JNDI из-за того, что он не является частью среды контейнера, поэтому необходимо использовать полностью определенные имена.
Просто поищите в Google "тонкий клиент ibm ejb". К сожалению, у меня нет ссылки на соответствующие библиотеки (для WAS 6), они работают.