Я пытался воссоздать точную ситуацию с теми же именами и местоположениями, но она прошла успешно. Он создал отдельную ссылку из существующей папки с тем же именем. Удаление ярлыка не вызвало проблем и оставило папку там. Я также попытался запустить его с неверным путем .exe, но он все еще работал успешно и имел поведение, подобное тому, что я упоминал ранее.
Хотя я не знаю, почему это происходит с вами, я бы порекомендовал убедиться, что вы используете последние обновления Windows 10 (и нет ожидающих обновлений, ожидающих перезапуска) и последнюю версию AutoHotkey.
В моем случае я использую Win10 версии 1903, сборку 18362.145 и AutoHotkey v1.1.30.03.