Установка пакета jpeg R не находит jpeglib.h в нестандартном месте - PullRequest
Новая
       22

Установка пакета jpeg R не находит jpeglib.h в нестандартном месте

1 голос
/ 10 мая 2019

Я пытаюсь установить jpeg пакет в R на сервере Linux (на котором у меня нет доступа sudo), и jpeg при установке не находит jpeglib.h Я установил локально. Как мне сказать R, где его искать, когда configure.args='--with-libjpeg-include=/path не удалось?

Версия ОС сервера - CentOS Linux 7 (Core)

В R я побежал: 

>install.packages('jpeg', lib="/shared/mybossusr/R3.5.0/lib", repos="https://mirrors.nic.cz/R/", destdir="/shared/mybossusr/usr/tmp")

И я получил эту ошибку:

rjcommon.h: 11: 21: фатальная ошибка: jpeglib.h: нет такого файла или каталога #include

Итак, я установил jpeg-turbo 

wget https://downloads.sourceforge.net/libjpeg-turbo/libjpeg-turbo-2.0.2.tar.gz
mkdir libjpeg-turbo-2
cd libjpeg-turbo-2
cmake -G"Unix Makefiles" -DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=/shared/mybossusr/bin/libjpeg-turbo-2 /shared/mybossusr/download/libjpeg-turbo-2.0.2
make
make install

Я проверил и jpeglib.h на /shared/mybossusr/bin/libjpeg-turbo-2/include

Я добавил это в конце моего ~/.bashrc: 

export CFLAGS="-I/usr/include -I=/shared/mybossusr/bin/libjpeg-turbo-2"

Я вышел из системы и получил ту же ошибку при попытке установить jpeg в R. Я также добавил местоположение библиотеки к своему пути в ~/.barsh: 

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/shared/mybossusr/bin/libjpeg-turbo-2/include
export PATH=$PATH:/shared/mybossusr/bin/libjpeg-turbo-2/include

на всякий случай, потому что я не до конца понимаю, когда программное обеспечение смотрит куда. Сделал source ~/.bashrc, вышел из системы и вошел, но ничего не изменилось.

Итак, я попробовал потом в R некоторые аргументы, которые мне пришли: 

install.packages('jpeg', lib="/shared/mybossusr/R3.5.0/lib", repos="https://mirrors.nic.cz/R/", destdir="/shared/mybossusr/R3.5.0/tmp", configure.args='--with-libjpeg-include=/shared/mybossuser/bin/jpeg/include')

и 

install.packages('jpeg', lib="/shared/mybossusr/R3.5.0/lib", repos="https://mirrors.nic.cz/R/", destdir="/shared/mybossusr/R3.5.0/tmp", configure.args='--with-libjpeg=/shared/mybossuser/bin/jpeg')

или 

install.packages('jpeg', lib="/shared/mybossusr/R3.5.0/lib", repos="https://mirrors.nic.cz/R/", destdir="/shared/mybossusr/R3.5.0/tmp", configure.args='--with-libjpeg-lib=/shared/mybossuser/bin/jpeg/include')

, чтобы попытаться сказать R, где libjpeg был установлен, но ничего не помогло.

Есть ли configure.args, который поможет? Пока что с другими пакетами было довольно просто использовать --with-package_name-lib, но я ничего не понимаю с этим ...

Заранее спасибо!

...