Почему мое блестящее приложение не получает содержимое файла для анализа? - PullRequest
0 голосов
/ 28 апреля 2019

... Привет, Я кодировал блестящее приложение для анализа сходства двух последовательностей белков или ДНК, используя функцию DotPlot в библиотеке seqinr. Приложение открывается идеально, но когда я загружаю файлы fasta для анализа, а не использую содержимое файла для анализа, приложение использует имя пути к файлу для анализа сходства. Пожалуйста, найдите код ниже

Любая помощь будет принята с благодарностью.

library(seqinr)
library(shiny)
library(Biostrings)
# User interface
ui <- fluidPage(
  titlePanel("Welcome to DotMatcher Plot App"),
  sidebarLayout(
    sidebarPanel (
      fileInput("protein1",
                label = "Choose a file",
                multiple = FALSE,
                accept =c( ".fasta")),
      fileInput( "protein2",
                 label = NULL,
                 multiple=FALSE,
                 accept =c("fasta"))
    ),
    # Outputs
    mainPanel(
      plotOutput(outputId = "plot")
    )
  )
)

# Server Function
server <- function(input, output) {
  seq1 <- reactive({
    req(s2c(paste(input$protein1, collapse = "")))})
  seq2 <- reactive({
    req(s2c(paste(input$protein2, collapse = "")))
  })

  output$plot <- renderPlot({

    print(seq1())
    print(seq2())


    dotPlot(seq1(), seq2())

  })

}
# App 
shinyApp(ui = ui, server = server)
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...