... Привет,
Я кодировал блестящее приложение для анализа сходства двух последовательностей белков или ДНК, используя функцию DotPlot в библиотеке seqinr. Приложение открывается идеально, но когда я загружаю файлы fasta для анализа, а не использую содержимое файла для анализа, приложение использует имя пути к файлу для анализа сходства. Пожалуйста, найдите код ниже
Любая помощь будет принята с благодарностью.
library(seqinr)
library(shiny)
library(Biostrings)
# User interface
ui <- fluidPage(
titlePanel("Welcome to DotMatcher Plot App"),
sidebarLayout(
sidebarPanel (
fileInput("protein1",
label = "Choose a file",
multiple = FALSE,
accept =c( ".fasta")),
fileInput( "protein2",
label = NULL,
multiple=FALSE,
accept =c("fasta"))
),
# Outputs
mainPanel(
plotOutput(outputId = "plot")
)
)
)
# Server Function
server <- function(input, output) {
seq1 <- reactive({
req(s2c(paste(input$protein1, collapse = "")))})
seq2 <- reactive({
req(s2c(paste(input$protein2, collapse = "")))
})
output$plot <- renderPlot({
print(seq1())
print(seq2())
dotPlot(seq1(), seq2())
})
}
# App
shinyApp(ui = ui, server = server)