Как создать карту плотности чтения по всему геному в R (для бактериального генома)

Question

У меня есть фрейм данных (pLog), содержащий количество операций чтения на нуклеотид для эксперимента chip-seq, выполненного для генома E. coli (4,6 МБ). Я хочу иметь возможность построить на оси X хромосомное положение и на оси Y количество операций чтения. Чтобы сделать это проще, я добавил данные в windows из 100bp. Это делает фрейм данных из 46599 строк и 2 столбцов. Один столбец называется «позиция» и имеет номер, представляющий хромосомную позицию (1,101,201, ....), а другой столбец называется «значения» и содержит количество операций чтения, найденных в этом бине, например (210,511,315, .... ). Я использовал ggplot для всего моего анализа, и я хотел бы использовать его для этого графика, если это возможно.

Я пытаюсь, чтобы график выглядел примерно так:

, но я не смог построить его.

Вот так выглядят мои данные

Я пытался

ggplot(pLog,aes(position))+ 
geom_histogram(binwidth=50)
ggsave(file.jpg)

И вот как это выглядит так: (

Большое спасибо!

Answer 1

Вы не можете использовать geom_histogram (), попробуйте geom_line:

pLog=data.frame(position=seq(1,100000,by=100),
value=rnbinom(10000,mu=100,size=20))
ggplot(pLog,aes(x=position,y=value))+geom_line(alpha=0.7,col="steelblue")

Скорее всего, вам нужно поиграть, чтобы получить необходимую визуализацию