SQLite не имеет понятия имени пользователя / пароля. Это просто одна файловая база данных.
Однако в Unix вы можете защитить свою базу данных от других пользователей на том же компьютере, установив разрешения для самого файла базы данных.
например. Разрешить только владельцу доступ
chmod 700 / path / to / sqlitedb
Если он используется в простом веб-приложении, то веб-приложение обеспечит управление.