Что касается загрузчика классов Java, файл .jar или .zip - это то же самое, что и каталог, содержащий файлы, а файлы .jar и .zip обычно используются для распространения скомпилированных пакетов Java. Здесь вы можете прочитать об этом подробнее.
Для компиляции zip-файла: используйте опцию -classpath для javac и java. Мы могли бы, например:
javac -classpath .:/users/johnr/java:/opt/jdk1.1.6/lib/classes.zip Hello.java