У меня когда-то была такая же проблема. В моем случае я получил сообщения с «двоичными данными» между тегами (изображения). Axis использовала буфер фиксированного размера для чтения данных, после того как буфер был заполнен, он просто продолжал и заканчивал синхронизацию.
На самом деле, вы должны быть в состоянии найти тег или деталь в XML-файле, шаг за шагом отлаживая код заглушки. Нет гарантии, что проблема может быть легко решена, но это может дать вам подсказку о том, что (а) заглушка не была сгенерирована правильно или (б) XML-файл просто не правильно сформирован или не подходит для использованной схемы создать заглушку.
Удачи! (Я не решил свою проблему ..)