Скорее всего, одно из веб-приложений самостоятельно запустило фоновый поток и не закрывает его должным образом.Хакерская альтернатива состоит в том, чтобы сделать фоновые потоки потоком демона (при запуске потока есть флаг), что означает, что они будут извлечены при каждом завершении процесса.
Взять дамп потока процесса (в Linux: kill -3 pid, затем проверьте catalina.out) и проверьте потоки, которые все еще работают.Затем найдите нити-демоны в вашем коде или сторонних веб-приложениях и избавьтесь от них.