Метки листа не отображаются полностью, когда я использую as.dendrogram - PullRequest
Новая
       73

Метки листа не отображаются полностью, когда я использую as.dendrogram

1 голос
/ 03 апреля 2019

Когда я строю дендрограмму, используя «as.dendrogram», все листовые метки обрезаются. См. Приведенные ниже изображения в качестве примеров:

Когда я строю график, используя «hclust» (все метки отображаются правильно) Дендрограмма 1

Когда я строю график, используя as.dendrogram Дендрограмма 2

Коды:

Данные, которые я создал, чтобы показать проблему 

test <- matrix(c(34,34,32,27,12,1,2,1,1,1), ncol=2)
colnames(test) <- c('Variable1', 'Variable2')
rownames(test) <- c('African Forest Elephant', 'Asian Domestic Elephant','African White Rhino','West African Giraffe','African Mountain Gorilla')
test_table <- as.table(test)

Для построения первого связанного изображения 

hctest = hclust(dist(test_table))
plot(hctest, axes = FALSE)

Второй 

hctest = as.dendrogram(hctest)
plot(hctest, edge.root = TRUE, horiz = TRUE)

PS: Если я использую "horiz = FALSE", та же проблема сохраняется. Я попытался экспортировать изображение, а также попытался использовать уценку R. Но ничего не изменилось.

1 Ответ

1 голос
/ 03 апреля 2019

Вы можете исправить это с помощью par, отрегулировав поля графика mar=c(bottom, left, top, right).(По умолчанию c(5, 4, 4, 2) + 0.1). 

par(mar=c(5, 4, 4, 10) + 0.1)
plot(hctest, edge.root=TRUE, horiz=TRUE)

enter image description here

Данные 

hctest <- structure(list(structure(5L, members = 1L, height = 0, label = "African Mountain Gorilla", leaf = TRUE), 
    structure(list(structure(4L, members = 1L, height = 0, label = "West African Giraffe", leaf = TRUE), 
        structure(list(structure(3L, members = 1L, height = 0, label = "African White Rhino", leaf = TRUE), 
            structure(list(structure(1L, label = "African Forest Elephant", members = 1L, height = 0, leaf = TRUE), 
                structure(2L, label = "Asian Domestic Elephant", members = 1L, height = 0, leaf = TRUE)), members = 2L, midpoint = 0.5, height = 1)), members = 3L, midpoint = 0.75, height = 2.23606797749979)), members = 4L, midpoint = 0.875, height = 7.07106781186548)), members = 5L, midpoint = 0.9375, height = 22.0227155455452, class = "dendrogram")
...