Нет, извините, не может быть сделано. Необоснованное слияние очень глупо, составляя чуть больше, чем «взять содержимое папки и скопировать ее в другое место». Как следует из названия Baseless, нет никакой исторической информации, с которой можно было бы провести сравнение. На практике это означает, что содержимое файла распространяется, но не изменяется пространство имен (удаляет, восстанавливает, переименовывает). Вы можете сортировать содержимое файла своего рода, сопоставляя одинаковые имена файлов и скрещивая пальцы, но для определения пространства имен действительно необходимо знать, как выглядит древовидная структура в прошлый раз, когда ветви синхронизировались, поэтому TFS даже не беспокоится.
Тем не менее, если вы знаете номер набора изменений, в котором были сделаны желаемые удаления, составление сценария удаления самостоятельно - не важная вещь.
$tfs = Get-TfsServer -path . -all
$deletes = get-tfschangeset 94 | % { $_.changes } | ? { ($_.changetype -band $tfs.VCS_ChangeType::delete) -ne 0 } | % { $_.serveritem }
($deletes -replace "$/branch1" "$/branch2") | Add-TfsPendingChange -delete
[не проверено, но должно работать]