Использование связи MPI с контейнерными приложениями - PullRequest
Новая
       41

Использование связи MPI с контейнерными приложениями

0 голосов
/ 24 мая 2019

Я успешно выполнил программу на своем кластере, используя 

mpirun -np 1 ./my_program

Я упаковал my_program с использованием Singularity и произвел my_program.simg.Контейнер также включает ту же версию OpenMPI, что и хост.Я хотел бы, чтобы узлы в моем кластере выполняли контейнер Singularity, поэтому я попытался: 

mpirun -np 1 \
    singularity run my_program.simg

Однако это не удалось: 

[pn111:395108] PMIX ERROR: NOT-FOUND in file ../../../../../../../openmpi-3.1.3/opal/mca/pmix/pmix2x/pmix/src/server/pmix_server_ops.c at line 1865
[pn111:395108] PMIX ERROR: NOT-FOUND in file ../../../../../../../openmpi-3.1.3/opal/mca/pmix/pmix2x/pmix/src/server/pmix_server_ops.c at line 1865
[pn111:395108] PMIX ERROR: NOT-FOUND in file ../../../../../../../openmpi-3.1.3/opal/mca/pmix/pmix2x/pmix/src/server/pmix_server_ops.c at line 1865

Я предполагаю, что мне нужновыставить что-нибудь в контейнер, чтобы он знал, как разговаривать со вселенной MPI.Есть ли сокет, который мне нужно привязать к контейнеру, или переменная окружения, которую мне нужно установить, или что-то в этом роде?

Документация Singularity предполагает, что делать нечего.

В этом выпуске GitHub может быть хороший совет, который я попробую.

...