Вы должны опубликовать их на разных портах, например:
docker run -p 8080:80 YourMagentoImage1
docker run -p 8081:80 YourMagentoImage2
Наконец, вы можете использовать обратный прокси-сервер для доступа к обоим из вашего браузера через порт 80.
Обратите внимание, что я не знаю фактический порт, который использует ваш Magento, например, 80.