В магазине Google Play это не будет проблемой.
В Apple App Store вы можете получить отказ, хотя я в этом серьезно сомневаюсь. До тех пор, пока у вас есть хорошие намерения, нет ничего плохого в том, что вы отказываетесь от App Store, и вам не следует этого бояться. Многие легитимные приложения отклоняются, и после дальнейшего объяснения или небольших исправлений они будут одобрены.
Если ваша причина столь же легитимна, как и соблюдение местного законодательства, проблем не должно быть.
Как в Google Play Store, так и в Apple App Store вы можете ограничить доступность приложения для определенных стран. Таким образом, в этом случае вы должны убедиться, что «Приложение» доступно во всех странах, кроме стран, где оно незаконно. Точно так же «приложение B» должно быть доступно только в тех странах, где необходимо ограничить функциональность из-за местных законов.
В результате ни в одной стране не доступны оба приложения. Это также наименее запутанно для пользователей.