Я не знаком с Pygithub API, я выполнил действие "клонировать", но я не знаю, как "тянуть", чтобы обновить уже клонированные репозитории.
У меня есть "клон"хранилища из github
client = Github(base_url=f'https://{hostname}/api/v3', login_or_token=token)
repos = client.get_organization(organization).get_repos()
for repo in repos:
Repo.clone_from(remote, local)