Как наложить / контрастировать определенные индексы изображения на исходном изображении? - PullRequest
Новая
       21

Как наложить / контрастировать определенные индексы изображения на исходном изображении?

0 голосов
/ 08 июня 2019

Это довольно сложно объяснить, поэтому я попытаюсь уточнить, но дайте мне знать, если потребуется дополнительная информация:

  • У меня есть 3D-изображение, которое я умножил налогическая маска
  • Я нашел все ненулевые значения этого нового изображения и извлек данные.(код ниже)
  • Затем я сопоставил эти данные (каждый воксел с другой переменной), и теперь у меня есть переменная, скажем, 7000 вокселей, которые сообщили, что коэффициент корреляции больше 0, и 500 000 вокселей, которые этого не делают.(код не включен)
  • Тем корреляционным вокселям, которые больше 0, присваивается 1, а остальным - 0. (код ниже)
  • Моя цель - теперь просмотреть исходное 3D (NIFTI) изображение, наложенное с более ярким контрастом в областях с корреляцией вокселей.

Помощь приветствуется! 

%% Loop through images, collecting index values in WhiteMatter areas

for a = 1:length(FA_MNI_dir) %282

    %% Load FA image
    FAdir = load_untouch_nii([FA_MNI_dir(a).folder '\' FA_MNI_dir(a).name]);
    FAimg = FAdir.img;

    %% Reshape FA image into MNI mask size 
    FA_reshape = imresize3(FAimg,2); % 2 for double the dimensions

    % view to check image alignment
    imshowpair(squeeze(FA_reshape(:,:,95)),squeeze(FA_Whitematter(:,:,95))) % they overlap = good fit

    %% Multiply FA and WhiteMatter mask
    FA_Whitematter = (FA_reshape .* WhiteMatter_MNI152_img);

    %% Get voxel values in FA
    indecies_FA_white = find(FA_Whitematter ~= 0); %find the indecies where FA_WM is not 0
    FA_White_Values = double(FA_Whitematter(indecies_FA_white)); %find the values within those indecies

    %% Save indecies per subject
    FA_allSubj{a} = FA_White_Values; 
end

%%  1 if relative voxel is a positive or a negative correlation and 0 for every other voxel 

Signf_corrNeg = corr_NM_voxel_i < -0.15;
Signf_corrPos = corr_NM_voxel_i > 0.15;
...