Используйте mysql_dump для выгрузки содержимого базы данных старой схемы (она генерирует выходные данные SQL и может содержать все операторы объекта CREATE), переключитесь на новую схему и выполните этот скрипт mysql> . dump.sql
Если это большая база данных, это может занять некоторое время, но это самый безопасный способ сделать это (убедитесь, что все приложения, использующие базу данных, приостановлены во время процесса преобразования).
Удалите старую схему, когда вы убедитесь, что все работает.