Просто вы определяете класс API, как показано ниже
class UserStoreItemManage(Resource):
def get(self, user_id, store_id):
(...)
и просто добавляете ресурс вот так.
api.add_resource(UserStoreItemManage, "/user/<user_id>/store/<store_id>/items/")
Это работает.
Если вы используете flask_restful,Вы не всегда должны создавать классы, принадлежащие моделям (таблицам).
Просто укажите имя модуля, например UserStoreItemManage
.Это будет хорошо.