Положение мыши можно отслеживать вне цикла обработки событий.
import pygame
import sys
screen = pygame.display.set_mode((500,500))
screen.fill((255,255,255))
last_pos = (-1,-1)
while True:
# handle user events
ev = pygame.event.get()
for event in ev:
if event.type == pygame.QUIT:
sys.exit()
# track the mouse co-ords
mouse_pos = pygame.mouse.get_pos()
if ( mouse_pos != last_pos ):
x,y = mouse_pos
print(x, y)
last_pos = mouse_pos