Как заставить Altair упорядочить карту тепла (прямоугольник) на определенной оси? - PullRequest
Новая
       20

Как заставить Altair упорядочить карту тепла (прямоугольник) на определенной оси?

0 голосов
/ 29 апреля 2019

Я пытаюсь создать кластерную тепловую карту в Альтаире. Создание тепловой карты работает просто отлично, но я не могу изменить порядок строк на основе значения другого столбца.

Вот фрагмент кода, который я использую для создания тепловой карты с использованием seaborn: 

import pandas as pd
import numpy as np
import seaborn as sns
import altair as alt
import random

iris = sns.load_dataset("iris")
species = iris.pop("species")

# Clustermap for rows only
g = sns.clustermap(iris, col_cluster=False, cmap="magma")

# Get the reodered indices
reordered_indices = g.dendrogram_row.reordered_ind

# Create a dictionary to add this information to the longform dataframe later
reordering_dict = pd.Series(reordered_indices, index=iris.index.values).to_dict()

# Converting iris to tidyform
iris.reset_index(level=0, inplace=True)
iris_tidy = pd.melt(iris, id_vars=["index"], var_name="Paramaeter", value_name="value")

# Adding the ordering information
iris_tidy['order'] = iris_tidy['index'].map(reordering_dict)

и это приводит к этому: Clustermap using seaborn

Теперь, пытаясь сделать то же самое, используя Altair: 

# Plotting using Altair
alt.Chart(iris_tidy, width=500, height=500).mark_rect().encode(
    alt.X("Paramaeter:N", bin=False, sort=None),
    alt.Y("order:O", bin=False),
    alt.Color("value:Q", scale=alt.Scale(scheme="magma")),
    order=alt.Order("order:Q", sort="ascending"),
).configure_scale(bandPaddingInner=0).configure_view(strokeOpacity=0, stroke="transparent").configure_axisY(
    labels=False, ticks=False
).configure_axisX(
    labelAngle=0, ticks=False
)

дает мне это: Heatmap using altair

Мне кажется, я неправильно использую alt.order () . Один из способов, который я предполагаю сделать, это использовать сам порядковый столбец order для определения оси Y - но я потеряю метки, связанные с index.

1 Ответ

1 голос
/ 29 апреля 2019

Если вы хотите управлять порядком сортировки категорий по оси Y, вы можете использовать свойство sort кодировки y.Например: 

# Plotting using Altair
alt.Chart(iris_tidy, width=500, height=500).mark_rect().encode(
    alt.X("Paramaeter:N", bin=False, sort=None),
    alt.Y("index:O", sort=alt.EncodingSortField(field='order', order='ascending')),
    alt.Color("value:Q", scale=alt.Scale(scheme="magma")),
).configure_scale(bandPaddingInner=0).configure_view(strokeOpacity=0, stroke="transparent")

enter image description here

Это не соответствует выходу морского происхождения, но я считаю, что это потому, что вычисленный столбец order не отражаетпорядок данных в морской карте.

...