Я предполагаю, что вы работаете в Linux. Ваша команда оболочки должна записать в stdout что-то, что gnuplot может читать из stdin. Примерно так должно работать:
print "Pleaser enter a number: "
a = system("read a; echo $a")
plot a*sin(x)
pause mouse close
Будет ли альтернативой написать скрипт на bash , python , ..., который читает пользовательский ввод и впоследствии вызывает gnuplot? (Ссылки - мои первые результаты в Google, я в основном прочитал заголовок.)