Я пытаюсь нарисовать три разные нелинейные регрессии с помощью ggplot2 (как я делал с графиком ниже (пунктирная линия) (потому что graphpad не может сравнивать нелинейную регрессию между группами): 
Пока я нарисовал этот график:
Со следующим кодом:
gp <- ggplot(datapoidsmono, aes(x = time, y = weight)) +
stat_summary(aes(color = group), fun.data="mean_sdl", fun.args = list(mult=1), geom="errorbar", position = "identity", size=0.5, width=0.2) +
stat_summary(fun.y = "mean", geom = "point", size=3, aes(shape=group,color=group)) +
scale_x_discrete(name = "Days after injection") +
scale_y_continuous(name = "Weight (g)", limits=c(0, 4000), breaks = seq(0, 4000,500)) +
scale_color_manual(values=c("green", "blue", "red"), name="Treatment", labels=c("A","B","C")) +
scale_shape_manual(values=c(15,16,17), name ="Treatment", labels=c("A", "B", "C")) +
ggtitle("Weight variation over time") + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
theme(legend.position = "right") +
theme(legend.background = element_rect(size=0.5, linetype="solid", color ="black", fill="white")) +
theme(axis.line.x = element_line(size = 0.5, color = "black"),axis.text.x = element_text(color="black", size = 12),axis.line.y = element_line(size = 0.5, color = "black"),axis.text.y = element_text(color="black", size = 12),axis.title = element_text(size =15, face="bold"),plot.title = element_text(size =20, face = "bold"),panel.grid.major = element_line(color = "#F1F1F1"),panel.grid.minor = element_blank(), panel.background = element_blank())
Я не могу понять, как нарисовать нелинейную регрессию для каждой группы.
Следующий код не вернул ни одной нарисованной линии (также без ошибок):
ggplot(datapoidsmono, aes(time, weight, color = group)) +
geom_point() +
stat_smooth(method = "lm", se=FALSE)
И не сделалэтот ( найден здесь ):
ggplot(datapoidsmono, aes(x = time, y = weight, colour=group)) +
stat_smooth(method = 'nls', formula = 'y~a*exp(b*x)') +
stat_smooth(color = 1, method = 'nls', formula = 'y~a*exp(b*x)') +
geom_point(aes(fill=group))
Любая идея или подсказка будет полезна для продолжения! Спасибо
Обновление
КакПо предложению @PoGibas, я добавил «group = group» в aes внутри первой строки, которая отлично рисовала линии!
Я попробовал mulltiple решение, чтобы получить идеальное соответствие:
gp + ggplot(aes(group=group))
stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x, size = 1, se = FALSE,colour = "black") +
stat_smooth(method = "lm", formula = y ~ x + I(x^2),size = 1, se = FALSE, colour = "blue") +
stat_smooth(method = "loess", formula = y ~ x, size = 1, se = FALSE, colour = "red") +
stat_smooth(method = "gam", formula = y ~ s(x), size = 1, se = FALSE, colour = "green") +
stat_smooth(method = "gam", formula = y ~ s(x, k = 3), size = 1, se = FALSE, colour = "violet") +
stat_smooth(method = "auto", se=F, colour = "yellow")
Но я подумал, что просто gp + stat_smooth() отлично справился с работой (используется метод LOESS).
Теперь я пытаюсь изменить аспект (на пунктир)линия) и цвет подгонки ...
Я попробовал gp + stat_smooth(se=F, aes(fill = group)), но теперь у меня есть другое поле легенды, и мои линии всегда одного цвета ...
Я также пытался добавить linetype=group в aes, но когда я использую scale_linetype_manual(values=c("dotted", "dotted", "dotted")), каждая строка пунктирная (с ошибкой)
Полный код:
ggplot(datapoidsmono, aes(x = time, y = weight, group=group, linetype=group)) +
stat_summary(aes(color = group), fun.data="mean_sdl", fun.args = list(mult=1), geom="errorbar", position = "identity", size=0.5, width=0.2) +
stat_summary(fun.y = "mean", geom = "point", size=3, aes(shape=group,color=group)) +
scale_x_discrete(name = "Days after injection") +
scale_y_continuous(name = "Weight (g)", limits=c(0, 4000), breaks = seq(0, 4000,500)) +
scale_color_manual(values=c("green", "blue", "red"), name="Treatment", labels=c("A","B","C")) +
scale_shape_manual(values=c(15,16,17), name ="Treatment", labels=c("A", "B", "C")) +
ggtitle("Weight variation over time") + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) +
theme(legend.position = "right") +
theme(legend.background = element_rect(size=0.5, linetype="solid", color ="black", fill="white")) +
theme(axis.line.x = element_line(size = 0.5, color = "black"),axis.text.x = element_text(color="black", size = 12),axis.line.y = element_line(size = 0.5, color = "black"),axis.text.y = element_text(color="black", size = 12),axis.title = element_text(size =15, face="bold"),plot.title = element_text(size =20, face = "bold"),panel.grid.major = element_line(color = "#F1F1F1"),panel.grid.minor = element_blank(), panel.background = element_blank()) +
stat_smooth(se=F, aes(fill = group)) +
scale_linetype_manual(values=c("dotted", "dotted", "dotted"))
