Учебник, на который вы ссылаетесь, отвечает на ваш вопрос. Вам необходимо создать кластер GKE без встроенного fluentd (передавая флаг --no-enable-cloud-logging
при создании кластера), а затем установить пользовательский набор демонов с конфигурацией fluentd, которую вы хотите использовать.