Preferences -> General - это правильное место, в раскрывающемся списке Default Terminal вы можете изменить терминал по умолчанию.
Я не смог найти ничего, где GitKraken получает доступные терминалы, но на моем компьютере с WindowsЕсть несколько вариантов: GitBash , cmd и PowerShell .
Что вы ожидали найти, т.е. какой терминал вы хотитепереключиться на?