Если нет связанного стиля с классом, который назначен элементу, то я думаю, что браузер просто проигнорирует его. Так что это не увеличит время обработки вашей страницы, если это то, что вас беспокоит.
Однако, если для каждого элемента имеется множество классов, вы должны понимать, что вы используете полосу пропускания и увеличиваете время, необходимое для загрузки всей страницы таким образом. Вы можете избежать этой проблемы, экспортируя CSS, чтобы браузер мог его кешировать.
Используете ли вы jquery для запроса элементов, которые вы действительно хотите изменить? Может оказаться, что проще выбрать те элементы с помощью селекторов jquery, которые кажутся сложными или невозможными при использовании стандартного JavaScript, и, таким образом, вы можете избежать всех этих лишних ненужных классов.
В итоге, нет проблем в использовании большого количества классов, если они необходимы, и это совершенно нормально для производства, но если они вам не нужны, как в вашем случае, должно быть лучшее решение, которое вы может придумать.