Как вы обнаружили, модуль nifi-web является частью nifi-framework, а nifi-framework упакован в виде NAR, который развертывается в каталоге lib NiFi.
Общий процесс будет ...
- Изменить код в nifi-web
- Запустить пакет mvn clean или установить на пакет nifi-framework-bundle
- Скопировать
nifi-framework-bundle/nifi-framework-nar/targer/nifi-framework-nar-<version>.nar
в каталог lib где угодновы запускаете приложение, как правило, это будет что-то вроде nifi-assembly/target/nifi-1.10.0-SNAPSHOT-bin/nifi-1.10.0-SNAPSHOT
Я не могу ничего сказать об Eclipse, но в Intellij вы просто импортируете все модули из корневого модуля.