Существует глобальная настройка стиля, которая влияет на все заполненные объекты в gnuplot, включая четырехугольники, составляющие поверхность pm3d. Чтобы установить прозрачность 50%:
set style fill transparent solid 0.5
Это относится только к заполнению области, но не к краям. Если вы хотите, чтобы поверхность в целом была прозрачной, лучше не рисовать края:
set pm3d noborder
Примечание: я не уверен, как "контурный график" вписывается в это. Контурные линии - это нечто другое. Вы также можете установить их прозрачность, но это не повлияет на поверхность pm3d как таковую.
Вот поверхность, нарисованная как «splot ... with pm3d» до и после установки прозрачного стиля заливки.