У меня есть модель glmm, построенная с использованием glmmTMB:
M2 <- glmmTMB(TotalSG_18_beta ~ Sim_mean_CI + (1|Site) + (1|Transect), data = CI_simulations_18_beta_transformed, family=list(family="beta",link="logit"))
Я преобразовал свои данные и использую бета-распределенную модель, поскольку мои данные не являются нормальными.
Я хочу использовать bootMer из пакета lmer, чтобы проверить адекватность этой модели с помощью начальной загрузки. Я хотел бы разделить мой набор данных 80:20, поэтому используйте 80% значений, чтобы прогнозировать 20%, а затем сравнить с результатами модели. Однако я не могу извлечь доверительные интервалы из загруженной модели.
Я пробовал следующий код:
b_test_1 <- bootMer(M2,
FUN = function(x) confint(x),
nsim=10,
use.u = TRUE,
type = "parametric",
.progress="txt")
И я вижу следующий вывод:
Bootstrap Statistics :
original bias std. error
t1* -0.8895147064 -0.493229558 0.7950155
t2* -0.8897969448 -0.493181702 0.7950244
t3* -0.8953021883 -0.492248240 0.7951980
t4* -0.8919079383 -0.492823765 0.7950909
t5* -0.8954317661 -0.492226269 0.7952021
Вот вывод из резюме:
summary(b_test_1)
Length Class Mode
t0 15 -none- numeric
t 120 -none- numeric
R 1 -none- numeric
data 4 data.frame list
seed 626 -none- numeric
statistic 1 -none- function
sim 1 -none- character
call 7 -none- call
ran.gen 1 -none- character
mle 2 -none- list
Я действительно не понимаю вывод. Я ожидал увидеть мои верхний и нижний CIs. Я думаю, что я ошибаюсь в строке FUN = function (x), но я не могу найти то, что я должен поместить сюда. Когда я попробую следующую функцию:
boot.ci(b_test_1, level = 0.95)
Я получаю следующее сообщение об ошибке:
Error in boot.ci(b_test_1, length = 0.95) : 't' must of length 10
Может кто-нибудь помочь мне понять, что означает этот вывод и почему я получаю эту ошибку? Я новичок в R и программировании, поэтому любая помощь или совет действительно приветствуются