Ошибки функции confint применительно к смешанной модели glmer - PullRequest
0 голосов
/ 17 июня 2019

После вычисления модели с glmmod <- lme4::glmer(formula, family = Gamma(link = "identity"), data = df), когда я спрашиваю confint(glmmod), я получил ошибку

> confint(glmmod)
Computing profile confidence intervals ...
Error in profile.merMod(object, which = parm, signames = oldNames, ...) : 
  can't (yet) profile GLMMs with non-fixed scale parameters

аналогично тому, как @ Ben-Bolker указал в , используя профиль и метод загрузки в опции confint, с моделью glmer . Но если я попытаюсь, как он предложил, confint(glmmod,method="boot") (с или без nsim), я получу ошибку

Error in if (const(t, min(1e-08, mean(t, na.rm = TRUE)/1e+06))) { : 
  missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning messages:
1: In rgamma(nsim * length(ftd), shape = shape, rate = shape/ftd) :
  NAs produced
2: In bootMer(object, FUN = FUN, nsim = nsim, ...) :
  some bootstrap runs failed (500/500)

Затем я попробовал два способа: один, следуя подсказкам Бена Болкера, должен был использовать glmmTMB (а также попытался glmmADMB, но я получил еще одну ошибку); другой способ - сделать доверительные интервалы от glmer до confint(glmmod, method = "Wald").

Моя проблема в этой точке состоит в том, что оценки glmmTMB находятся за пределами доверительных интервалов Вальда для glmer. Кроме того, с учетом AIC и BIC результаты по glmer кажутся лучше, чем по glmmTMB.

Каким результатам я должен доверять? Что я могу сделать?

Спасибо!

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...