Доверительные интервалы для прогнозирования логистической обобщенной линейной смешанной модели (GLMM) - PullRequest
Новая
       105

Доверительные интервалы для прогнозирования логистической обобщенной линейной смешанной модели (GLMM)

0 голосов
/ 08 декабря 2018

Я использую логистическую обобщенную линейную смешанную модель и хотел бы представить свои эффекты вместе с доверительными интервалами.Я использую пакет lme4, чтобы соответствовать моей модели: 

glmer (cbind(positive, negative) ~ F1 * F2 * F3 + V1 + F1 * I(V1^2) + V2 + F1 * I(V2^2) + V3 + I(V3^2) + V4 + I(V4^2) +  F4 + (1|OLRE) + (1|ind), family = binomial, data = try, na.action = na.omit, control=glmerControl(optimizer = "optimx", calc.derivs = FALSE, optCtrl = list(method = "nlminb", starttests = FALSE, kkt = FALSE)))

OLRE означает, что я использую случайный эффект на уровне наблюдения, чтобы преодолеть избыточную дисперсию.

Если вам интересно из-за предупреждений о сходимости, япрошел протокол устранения неполадок lme4, и все должно быть в порядке.

Чтобы получить графики эффекта с доверительными интервалами, я попытался использовать ggpredict: sjPlot, например: 

 plot_model(mod, type = "pred", terms = c("F1", "F2", "F3"), ci.lvl = 0.95)

Я также попытался пройти по этому протоколу: https://rpubs.com/hughes/84484

 intdata <- expand.grid(
  positive = c(0,1), 
  negative = c(0,1),
  F1 = as.factor(c(0,1)), 
  F2 = as.factor(c(1,2,3)), 
  F3= as.factor(c(1,2,3,4)), 
  V1= as.numeric(median(try$V1)),
  F4= as.factor(c(30, 31)), 
  ind= as.factor(c(68)), 
  OLRE = as.factor(c(2450)), 
  V2= as.numeric(median(try$V2)), 
  V3= as.numeric(median(try$V3)), 
  V4= as.numeric(median(try$V4))
  )


 #conditional variances
 cV <- ranef(mod, condVar = TRUE) 
 ranvar <- attr(cV[[1]], "postVar")
 sqrt(diag(ranvar[,,1]))


 mm <- model.matrix(terms(  mod), data=intdata, 
               contrasts.arg = lapply(intdata[,c(3:5, 7:9)], contrasts, contrasts=FALSE))


 predFun<-function(.) mm%*%fixef(.) 
 bb<-bootMer(mod,FUN=predFun,nsim=3)

с некоторыми проблемами и предупреждениями относительно контрастов и 

  Error in mm %*% fixef(.) : non-conformable arguments

Поэтому мне интересно, может ли кто-нибудь мне помочь, но пока я не в состоянии, пока ничего не сработало, так что я бы действительноценю некоторую помощь.

Здесь ссылка на данные https://drive.google.com/file/d/1qZaJBbM1ggxwPnZ9bsTCXL7_BnXlvfkW/view?usp=sharing

...