Вы должны настроить размер ядра так, чтобы он содержал хотя бы ненулевой элемент во всех частях изображения.
Это из документации OpenCV :
элемент пикселя равен '1', если хотя бы один пиксель под ядром равен '1'
Это означает, что если ваше ядро слишком маленькое, в нем могут быть пробелываше изображение, где разрыв больше, чем размер ядра в любом направлении.Обратите внимание, что я сгенерировал ядро, используя numpy (я думаю, что вы допустили ошибку при указании вашего ядра).Я протестировал ваш код с ядром (5,5) (вместо (3,3)) и после нескольких итераций он закрыл все пробелы в вашем изображении.Указанный вами (3,3)
рассматривается как ядро размера (1,2), а не как ядро размером 3x3:
import numpy as np
kernel = np.ones((5,5),np.uint8)
cv2.dilate(myImage,kernel,iterations = 5)