Вы находитесь не в той папке. Убедитесь, что вы делаете именно это:
docker run -v <path to your project folder>:/home/zokrates/code -ti zokrates/zokrates /bin/bash
Замените, перетащив папку зократ на терминал. Затем используйте ls, чтобы увидеть файлы, которые у вас есть. Используйте cd, чтобы перейти в папку, где у вас есть файл кода. Оказавшись внутри, выполните:
~/zokrates compile -I <enter the .code file here>