График visNetwork использует ограниченное пространство, отображается в виде квадрата - PullRequest
Новая
       21

График visNetwork использует ограниченное пространство, отображается в виде квадрата

0 голосов
/ 27 мая 2019

Я хочу визуализировать большой граф с 7144 узлами и 9612 ребрами.У меня большая сеть, созданная с пакетом visNetwork и функциональностью visIgraphLayout.Однако, как только я сохраняю его в .html объекте, его открытие дает мне нечитаемый график в квадратной форме.Я не до конца понимаю, почему он не принимает макет layout_with_lgl и не уменьшает его для представления .html .

https://i.ibb.co/8dMQhgs/grafs.png

В прошлом я не представлял большие сети, но для более мелких сетей они обычно не принимают форму квадрата.

Я пытался увеличить ширину и высоту, но это не меняет результат. 

# graph
visNetwork(nodes, edges) %>% 
  visLegend() %>%  
  visEdges(arrows = 'to')  %>% 
  visOptions(height="150%", width = "200%", 
             highlightNearest = TRUE, nodesIdSelection = TRUE) %>%
  visIgraphLayout(layout ="layout_with_lgl")  %>%
  visSave("normal_case_network.html", selfcontained = TRUE, background = "white")

Вот некоторые примеры данных 

> test_nodes
      id    label size
1      3    RPS11    6
2     12  PRO0478    6
3     17    SALL1    2
4     19    RPS18    6
5     20    HNRPD    1
6     24    LMAN1    2
7     25    SUHW1   31
8   1717     NUS1    2
9   1773  SLC35E4    7
10  2990    RPL34    7
11  3618   MAGEA9    3
12  5274     RPL9    8
13  6187    RPL26    6
14  6550 MGC10814    7
15  7657   RPL37A   11
16  7977     GDF6    9
17  9249   FAM79B    6
18  9493     XKR3    6
19  9769    ILDR1    6
20 10035    RPS16    6
21 11283     INE1    9
22 11623    RPS24    7
23 12048   PNPLA7    7
24 12416   ZNHIT1    1
25 13153   RPL13A    4
26 16647     RPS9    6
27 17730    RPS14    4
> test_edges
    from to    value
1   6187  3 0.280121
2  10035  3 0.231621
3  16647  3 0.117053
4  17730  3 0.111042
5   1773 12 0.173750
6   6550 12 0.214583
7   9769 12 0.581609
8  11283 12 0.121820
9   7977 17 0.113313
10 12048 17 0.111579
11  2990 19 0.137719
12  5274 19 0.169781
13  7657 19 0.127444
14 11623 19 0.258475
15 13153 19 0.108063
16 12416 20 0.167551
17  1717 24 0.196111
18  3618 25 0.192518
19  9249 25 0.101754
20  9493 25 0.325038

Я хотел быиметь график, который принимает форму примерно так: https://www.andrewb -c.com / wp-content / uploads / network-graph-linkedin-optimized.jpg

...