snakemake: запускать некоторые задачи в кластере, а некоторые локально

Question

Я использую Snakemake для организации конвейера анализа. Некоторые задачи очень малы (например, создают несколько символических ссылок), в то время как другие занимают часы. Есть ли способ использовать --cluster для некоторых из них, но выполнять другие только локально?

Answer 1

localrules делает именно это.Когда приведенный ниже пример выполняется с --cluster, bar задания выполняются в кластере, а foo задания выполняются локально.

localrules: foo

rule foo:
    ...

rule bar:
    ...