Я пытаюсь выполнить калибровку модели выживания, используя тест Гринвуда-Нам-Д'Агостино, и код R, найденный здесь (http://ncook.bwh.harvard.edu/assets/GND_w_practical_example.R)
Пожалуйста, найдите мой кусок кодов:
adm.cens=365
itt$fu.time <- pmin(itt$timetobleed, adm.cens)
itt$status <- ifelse(as.numeric(adm.cens < itt$timetobleed), 0, itt$bleed)
nonadm.cens=ifelse(itt$timetobleed<adm.cens & itt$bleed==0,1,0)
mean(itt$bleed)
survcox_d<-coxph(data=itt, Surv(fu.time, status)~score)
summary(survcox_d)
survfit_d=survfit(survcox_d, newdata=itt, se.fit=FALSE)
survpr4K=survfit_d$surv[212,]
estsurv=survpr4K
estinc=1-survpr4K
itt_only$dec=as.numeric(cut2(estinc, g=4))
table(itt_only$dec, itt_only$status)
GND.result=GND.calib(pred=estinc, tvar=itt$fu.time, out=itt_only$status,
cens.t=365, groups=itt$dec, adm.cens=365)
Я впервые пытаюсь использовать этот код, поэтому не знаю, чего ожидать, но получаю сообщение об ошибке:
Error in if (sum(data.sub$out) > 1) { :
missing value where TRUE/FALSE is requested