Использование авторизации Windows, безусловно, самый простой способ получить контроль доступа к манифестам и файлам приложения.
Самый простой способ - просто установить разрешения списка контроля доступа (ACL), чтобы ограничить доступ к приложению ClickOnce.файлы только авторизованным пользователям или группам.
Дополнительные механизмы аутентификации см. в документации здесь .