У меня был похожий опыт. После отладки и запуска в командной строке cmd я обнаружил, что проблема связана с разрешениями на запись.
Вам следует проверить сетевые разрешения, на которые указывает выходная папка. Обычно все Vista / Windows 7 имеют проблемы с разрешением сетевой работы.
Попробуйте дать полные права на выходную папку и посмотрите, что произойдет. А также попытайтесь увидеть, правильно ли берется контрольный путь.
Из VS он будет работать нормально, но когда вы попробуете из CC.net, нам, возможно, придется указать ссылочный путь.
/ р: ReferencePath = C: \ Users ....
Надеюсь, это будет полезно.