Мы можем вставить все столбцы, а затем получить количество:
# example data
set.seed(1); m1 <- matrix(sample(c(0, 1), 1000, replace = TRUE), ncol = 4)
# all freqs
sort(table(apply(m1, 1, paste, collapse = "")))
# 1100 1111 1101 1001 0100 0101 0000 0001 0010 0011 0110 1110 0111 1011 1000 1010
# 8 8 12 13 14 14 16 16 16 16 16 16 18 18 22 27
Если мы предположим, что 1-й столбец является нашим столбцом Да / Нет:
# 0 = No freqs
sort(table(apply(m1[ m1[,1] == 0, -1], 1, paste, collapse = "")))
# 100 101 000 001 010 011 110 111
# 14 14 16 16 16 16 16 18
# 1 = Yes freqs
sort(table(apply(m1[ m1[,1] == 1, -1], 1, paste, collapse = "")))
# 100 111 101 001 110 011 000 010
# 8 8 12 13 16 18 22 27