Я обнаружил, что это потому, что Visual Studio работала в режиме администратора и, следовательно, другие программы с меньшими правами не видят горячие клавиши, пока они в фокусе. Если я запускаю другие программы с правами администратора, то Visual Studio больше не становится барьером.
Чтобы расширить, шаблон одинаков для любых запущенных программ: горячие клавиши от процессов, не относящихся к администратору, не будут перехвачены, если процесс администрирования находится в фокусе.