gawk
на помощь!
$ awk -vFPAT='([^[:space:]]+)|("[^"]+")' -v OFS='|' '$1=$1' file
28828082-1|04/08/19|08:48|04/11/19|12:37|04/12/19|16:22|4/15-4/16|04/17/19|2|9|LCO|W|OIP|04/08/19|08:53|21|1|58.00|9|222|79|FEDX|FEDXH|SL3|484657064673|0410099900691041119|SMITHFIELD|RI|02917|"41.890066 , -71.548680"|YES
определяет шаблон поля как непустое или заключенное в кавычки значение, которое может включать пробелы (но не экранированные кавычки), заменять поле вывода, разделенное символом табуляции, принудительно анализировать строку, и после изменения формата будут напечатаны ненулевые строки.
Лучшая версия будет ... '{$1=$1; print}'
.
Конечно, если все разделители полей являются вкладками, а строка кавычек не содержит вкладок, это намного проще.